《金田一耕助 VS 明智小五郎》故事講述藥房家族中,長年起衝突的兩家「元祖トキ屋拘蛟龍?zhí)谩辜啊副炯谣去菥序札執(zhí)谩拱l(fā)生事件。本家的長男喜一郎在某天和元祖的經(jīng)營者長彥發(fā)生毆斗,之后長彥和毒藥一起失蹤,兩年后喜一郎的妹妹初惠到東京下町委託偵探金田一耕助尋人,於是他前往於大阪的本家トキ屋拘蛟龍?zhí)貌樘健4藭r明智小五郎看見金田一解決事件的新聞,隱藏身份前往拜訪,不料發(fā)現(xiàn)那個金田一是偽冒,於是捲入當中的事件,和金田一展開推理較量挑戰(zhàn)。